農村物流存在的主要問題是：農村經濟發展總體水平偏低，農村物流發展緩慢。農產品的易腐性和季節性使農村物流管理難度大。農村生產組織化程度低，物流需求分散，缺乏物流供給能力。物流基礎設施、物流技術和設備落后，物流運營成本高。物流政策不到位，物流運作不規范，物流交易成本高。針對以上農村物流存在的主要問題，應從以下方面著手發展農村物流。
?就農戶企業而言，大力創新農業生產組織，以土地產權改革為基礎，重組各種產權形式，擴大生產規模和經營實力，加強企業物流成本核算，改變對物流成本的模糊認識，制定企業物流戰略。創新物流運作模式，綜合利用物流信息流和資金流；注重物流技術的開發和利用；引進和培養物流人才，學習物流知識。
區域層面，科學規劃農村區域物流，統籌城鄉物流發展、農村農業物流和工業物流，增強商品交易市場功能，加強區域信息平臺建設，提高對農村物流的金融支持力度，制定區域物流政策，鼓勵和支持企業物流建設，發展第三方物流，加強區域物流管理，加強物流技術的交流與合作。
宏觀層面，統籌城鄉、區域間的物流系統規劃；加強物流基地和物流園區的布局和建設；推進農村改革，減免農業稅。引導農村綠色物流發展，注重物流研究和物流技術開發，積極開展與其他地區在物流管理、物流技術和物流人才領域的合作與交流。